O episódio de descaso da prefeitura do Rio e da Calper Engenharia com o Museu Casa do Pontal parecia estar superado em junho de 2016, quando teve início a construção da nova sede da instituição. Acusada de aterrar uma rede de canais para construir o condomínio que alojou os jornalistas nos Jogos Olímpicos — e com isso provocar frequentes enchentes no museu —, a construtora fechou acordo em que custearia a obra em troca do abatimento de uma dívida com o município. Os repasses, no entanto, foram interrompidos quando faltavam 30% para a conclusão do serviço — a Calper alega que não tem mais recursos. A prefeitura, por sua vez, diz que entrará com uma ação contra a empresa e que concluirá as obras em 2018.